Nuestra Señora de la Peña es la iglesia más antigua de Ágreda, consagrada en 1193 por el obispo de Tarazona Juan Frontín. De su primitiva traza románica conserva la portada, formada por cuatro arquivoltas decoradas con cenefas, trenzas y roleos, la originalidad de su espacio interior, conformado por dos naves, y unos fabulosos capiteles, entre los que destaca la escena del pecado original. A finales del siglo XVI se acometieron diversas reformas en estilo gótico que transformaron las dos cabeceras del templo y abrieron nuevas capillas en el lado norte.
A lo largo de los siglos ha sido testigo de importantes hechos históricos como los desposorios de Jaime I el Conquistador y doña Leonor de Castilla en 1221; la oración confiada de Catalina de Arana, madre de Sor María de Jesús de Ágreda, ante el Cristo del Buen Consejo, que le iluminó la fundación del Convento de la Concepción en 1619.
En la actualidad alberga el Museo de Arte Sacro. Una muestra de que la devoción, los sentimientos, la fe y las tradiciones de los pueblos se transforman en arte y a través de él se perpetuán en el tiempo. De su fabulosa colección de arte religioso, sobresalen por su majestuosidad la imagen de Ntra. Sra. de La Peña del siglo XIII y por su grandiosidad el retablo barroco dedicado a la inmaculada. También forman parte de esta exposición permanente una riquísima colección de pinturas góticas. El retablo de San Juan Evangelista, del gótico naturalista del siglo XV; la predela de la pasión y la soberbia predela con escenas de la vida de la Virgen, atribuida al pintor Miguel Ximénez, pertenecientes al estilo gótico flamenco; la originalísima tabla que representa a la Trinidad como “Trono de Gracia”, ejecutada siguiendo los cánones del gótico internacional.
Iglesia y Museo, este templo conserva su carácter sacro. Su memoria religiosa, a veces, nos trae los ecos del “rompe, rompe mis cadenas” que cantaban los fieles durante la novena de difuntos o las voces del juramento solemne de la defensa de la Inmaculada Concepción que hizo el pueblo de Ágreda en 1620. Su actualidad parroquial nos convoca cada 8 de septiembre a celebrar en esta iglesia la festividad de la Natividad de la Virgen.