La iglesia de San Miguel Arcángel es una de las seis parroquias que se erigieron en Agreda en la segunda mitad del siglo XII tras la reconquista y repoblación. Como todas ellas originariamente fue románica. De ese estilo y época solamente conserva la torre a la que se le añadió en el siglo XVI un cuerpo rematado con almenas.
Su exigua portada ojival, sobre la que está colocada una raquítica escultura de san Miguel, no anticipa el deleite artístico que espera en el interior. Patronos y donantes abrieron este templo al Renacimiento y contribuyeron al encuentro del hombre con Dios.
La ampliación y remodelación de esta iglesia en el siglo XVI está unida a la memoria del doctor García Fernández de Carrascón, protomédico del Papa Adriano VI. Promotor y mecenas de toda la transformación de la capilla mayor en panteón funerario, la ampliación de la nave principal con coro y sotocoro a los pies, así como de la ejecución del Retablo Mayor pintado por Pedro de Aponte.
La Capilla Mayor es de planta heptagonal, al igual que la nave se cubre con bóveda estrellada de gusto hispanoflamenco. El mecenas ordenó su enterramiento en un sepulcro de alabastro decorado al romano que se cobija bajo un arco gótico tardío. El Retablo Mayor dedicado a San Miguel es una de las joyas del patrimonio artístico de Ágreda y sin duda una obra que sobresale en el Renacimiento español. En él se disponen trece pinturas sobre tabla con escenas de la Pasión (la Oración en el Huerto, la Flagelación, Cristo Camino del Calvario, la Piedad),iconografía sobre San Miguel y la Expulsión del Paraíso. Destaca la escultura central, obra del escultor Antonio de Baños, representa a San Miguel como un guerrero joven que encarna los valores renacentistas.
El patrono de la Capilla de los Santos Medel y Celedonio fue don Juan de Soria, secretario del príncipe don Juan de Castilla, hijo de los Reyes Católicos. El retablo reitera la traza y ornato del retablo de San Miguel, por lo que bien pudo ser también obra de Antonio de Baños. Algunos personajes presentan las tendencias de la moda del s.XVI; vestidos a la flamenca y calzados con zapatos de “morro de vaca” que popularizo el Rey Carlos I.
En la Capilla de Santa Ana que alberga un retablo de primer cuarto del siglo XVI, se fundó la Cofradía Sacerdotal de Santa Ana en 1556. En el siglo XVIII se fundó la Capilla de la Virgen del Pilar, costeada por D. Juan Mateo López, obispo de Murcia, bautizado en esta parroquia.
Las fiestas y celebraciones que aun se festejan en esta Iglesia están vinculadas a la devoción a los santos que han dejado su presencia en capillas y retablos. San Miguel, el 29 de septiembre; la misa votiva en honor de San Roque, el 16 de agosto; Santa Ana, el 26 de julio, fecha en la que la que la única cofradía de sacerdotes existente en Soria honra a su patrona.