Apenas transcurridos seis años desde que Catalina de Arana fundase la primera Comunidad Concepcionista en la casa familiar el convento se había quedado pequeño.
La construcción del nuevo Convento de la Concepción fue obra de sor María de Jesús de Ágreda. Para 1624 el Ayuntamiento de Ágreda le había donado los terrenos. La Iglesia y el monasterio se erigieron en siete años, de 1627 a 1633. El 10 de julio de 1633 las religiosas se trasladaron a la nueva fundación. Sus muros fueron testigos de la vida de santidad de la Madre Ágreda.
El complejo conventual lo integran la “Casa” y la iglesia. Un conjunto excepcional que ha preservado el espíritu de la fundación primitiva permite trasladarse sin gran esfuerzo a la época de la Venerable.
La Iglesia, sobria y elegante, adopta la planta de cruz latina. Los tres tramos de la nave, al igual que los brazos y la cabecera, se cubren con bóvedas de medio cañón, mientras que el crucero lo hace con una cúpula apoyada sobre pechinas, en las que aparecen pintadas las armas de los Coronel-Arana, la villa de Ágreda, el emblema de los franciscanos y la Inmaculada Concepción. El coro ocupa los dos tramos de los pies del templo. Adquiere tal protagonismo que llega a ser para esta orden contemplativa la dependencia más importante del convento.
La única decoración de todo el convento se localiza en la iglesia y en el coro, principalmente en las bóvedas que sirven de marco para una ornamentación de motivos geométricos en yeso entre las que se encadenan triángulos, cuadrados, óvalos, puntas de dimanante y casetones con florones. El contraste entre molduras y fondos se subraya con el bicromatismo entre el azul y el blanco.
El Retablo Mayor, fechado en 1646, es de estilo barroco. La iconografía del conjunto recalca la Orden Franciscana y el mensaje Inmaculista. El templete central en el que hoy está colocada Santa Beatriz de Silva en origen se ideó para la Inmaculada de Gregorio Fernández. En los laterales se sitúan los protagonistas de la vida de la Virgen, San José con el Niño y Santa Ana con la Virgen Niña. En el ático al Calvario se unen dos santos franciscanos, Santa Clara y San Antonio. Otro punto de atención es el Sagrario expositor. Los retablos colaterales están dedicados a los dos copatronos del convento, San Miguel y San Francisco de Asís.
A la derecha del crucero está situado el sepulcro de sor Maria. Un féretro de líneas barrocas, cubierto por una urna de cristal sobre la que está dispuesta una bella escultura yacente de la Venerable, guarda el cuerpo incorrupto de sor María de Jesús.
Es un lugar que invita al recogimiento y a la oración. Entre el silencio y la tenue luz del templo, están en permanente vigilia el Santísimo y sor María de Jesús de Ágreda, depositarios de nuestras oraciones, ruegos, confidencias y acciones de gracias.
Al fondo, en el coro, apenas imperceptibles, las hermanas concepcionistas elevan sus plegarias por toda la Iglesia, por toda la humanidad. Son el motor espiritual de la Parroquia de Ágreda.
Cuando las campanas tocan a Fiesta, el templo se llevan de fieles que se unen a ellas para celebrar la novena de la Inmaculada, recibir y despedir a la “Virgen del Coro” y rezar cada 24 de mayo por la Causa de Beatificación de sor María.